Ну во-первых, при включении компьютера куллеры всегда немного быстрее вращаются, чем при обычной работе, а следовательно и издают немного больше шума. А во-вторых, может быть уже подшипники износились и их надо смазать или вентиляторам самим по себе уже приходит конец. Когда у меня такая проблема с куллером в блоке питания возникла, оказалось, что износился подшипник и его надо было смазать.